הכרה של האגודה במסלול לימודים היא פונקציה של שני גורמים עיקריים: ראשית עמידה בתנאים האקדמיים ושנית – סיומו של מחזור לימודים אחד לפחות, המוכיח כי התנאים וההבטחות התקיימו הלכה למעשה.
עם זאת, בעקבות העניין הגדול שתחום ההומאופתיה מעורר, נוצרות מסגרות לימודים המבקשות את ההכרה של האגודה ברמתן – אך שטרם סיימו להכשיר מחזור לימודים ראשון.
במצב שכזה קיים סטטוס "מסלול בתהליך הכרה", שפירושו שהאגודה מנטרת את רמתו המקצועית של המסלול, ושבמידה וזה ימשיך למלא את התנאים ויעמיד מחזור של בוגרים – הוא יזכה להחשב מסלול מוכר.
