הומאופתיה הינה ריפוי ע"י הדומה: ההומאופתיה מרפאת מחלות באמצעות חומרים המסוגלים לעורר סימפטומים דומים (ללא המחלה עצמה) באנשים בריאים. אותם חומרים "מעוררי מחלה", בהינתנם כהכנה הומאופתית (דילול וניעור), ממריצים את כוח הריפוי הטבעי לרפא את המחלה. לדוגמא, בצל, אשר בזמן חיתוכו או אכילתו מעורר סימפטומים של אלרגיה: דמעת, צריבה באף והתעטשות, מסוגל להביא מזור לסובל מקדחת השחת - כמובן רק כאשר מכינים ממנו תרופה הומאופתית על פי עקרונות ההכנה המזערית.

אנו יודעים כי כל חומר אשר ניתן במינונים גדולים מדי יכול לגרום להרעלה ולייצור סימפטומים ייחודיים לו הן במישור הגופני והן במישור הנפשי. באותה הדרך כל אינדיבידואל כאשר הוא חולה, מציג תמונת סימפטומים ייחודית לו הן במישור הגופני והן ובמישור הנפשי, תמונת סימפטומים זו ייחודית רק לו (בהתאם לרגישות שלו) ושונה מכל אדם אחר, אפילו אם הם סובלים מאותה מחלה.

תפקידו של ההומאופת הוא למצוא את החומר המסוגל לייצר תמונת סימפטומים דומה לתמונת הסימפטומים של האדם החולה ולתת לו אותה על-פי חוק הדומים.

בנוסף, להומאופתיה מספר עקרונות:

1. עקרון התרופה היחידה: ההומאופת משתמש בתרופה יחידה בכל טיפול, משום שעל פי ההבנה ההומאופתית ישנה אך ורק תרופה אחת המתאימה ביותר למכלול הסימפטומים האינדיבידואליים של המטופל באותו זמן שהוא בא לטיפול: מכלול סימפטומים אלו מהווה תמונת מחלה אחת, וכך ניתנת תרופה אחת לתמונת מחלה אחת. התרופה עשויה להשתנות בעתיד, בהתאם לשינויים המתרחשים בחייו של המטופל. בניגוד לדעה הרווחת, ההומאופתיה אינה "רפואה מונעת" בלבד, אלא מספקת גם פתרונות מידיים. ההומאופת יתן תרופה אחת שהיא המתאימה ביותר לתמונת הסימפטומים המיוחדת של המטופל.

2.  עקרון המנה המזערית: עיון המנה המזערית מבוסס על העובדה שהתרופה נועדה רק לגרות את כוחות הריפוי הטבעיים של הגוף ולא לפעול באופן ישיר על הפתולוגיה. ההומאופתיה מאמינה שהגורמים למחלות הם יותר מאשר חיידקים ווירוסים וגורסת כי הסיבה האמיתית היא חוסר/שינוי דינאמי בכוח החיים וההכנה המיוחדת של התרופות ההומאופתיות מביאה אותם למצב בו יוכלו להשפיע ברמה דינאמית זו – המצויה בבסיס הבריאות שלנו. התרופות ההומאופתיות עוברות תהליך הכנה מיוחד, בו נעלם החומר הכימי המקורי ונותרת "הכנה" מדוללת ומנוערת אשר בה נותר הכוח הרפואי הייחודי לחומר המקורי. הכנה זו הינה בעלת כוח ריפוי המוגבר עשרות מונים מכוח הריפוי של החומר המקורי. הכנות מיוחדות אלו מסוגלות להגיע אל שורשי המחלה הנמצאים במישורים עמוקים יותר מן הרמה הכימית פיזיולוגית, ולרפאם. לדוגמא, מלח ים, חומר פשוט לכאורה, לאחר שעבר את תהליך ההכנה ההומאופתי, מסוגל לרפא בין היתר, אלרגיות ומיגרנות במישור הפיזי, ומצבי דכאון ויגון עמוקים במישור הנפשי. עקב תהליך הכנה מיוחד זה, אין בהומאופתיה בעיה של השפעות לוואי הכרוכה בלקיחת תרופות כימיות, והתרופות ההומאופתיות הן בטוחות גם בזמן הריון וגם בטיפול בילדים קטנים.

3.  עקרון הטיפול האינדיבידואלי : ההומאופתיה מודעת לצורה הייחודית בה האדם חולה, הטיפול ההומאופתי מתמקד באדם ולא במחלה, במכלול האדם כיחידה אחת ולא רק לאבריו. תהליך הריפוי נעשה ע"י המרצת כוח הריפוי הטבעי של האינדיבידואל, ולא ע"י החדרתו לגוף של חומר כימי האמור לדכא קשת של סימפטומים, תוך התעלמות מפוטנציאל הריפוי הטבעי של הפרט. יתכן מצב שבו עשרה חולים סובלים ממיגרנה, וכל אחד מהם יקבל טיפול שונה ואינדיבידואלי, על סמך תמונת הסימפטומים המיוחדת לו: סוג הכאב, מיקומו המדויק, מה מחמיר ומה מיטיב את הכאב, רגישות כללית של המטופל למזג אויר, חום וקור, והתייחסותו לאנשים סביבו. לכן, אין תרופה כללית למיגרנה, אלא טיפול אינדיבידואלי לאדם הסובל ממיגרנה.

4. עקרון הכוח החיוני Vital Force : ההומאופתיה מבוססת על ההכרה בנוכחותו של כוח חיוני, מערכת תבונית המצויה בכל גוף חי, שמטרתה לשמר איזון והרמוניה במינימום נזק לאורגניזם, בכל מצב נתון. ההומאופת לעולם לא יסתכל על האורגניזם כעל גוף פיזי בעל תגובות כימיות או מכאניות בלבד, אלא ינסה לראותו כיישות חיה. הטיפול ההומאופתי נועד לחזק ולעורר את הכוח החיוני, על מנת שהוא עצמו יוכל להתמודד עם התחלואים השונים בהם נתקל האדם במהלך חייו. בטרמינולוגיה המקובלת ניתן לקרוא לכך חיזוק מערכת החיסון.

5. טיפול במכלול הסימפטומים: התאמת הטיפול ההומאופתי למטופל נעשית לא על פי האבחנה הרפואית בלבד, אלא על פי התייחסות למכלול הסימפטומים האינדיבידואליים שלו. ההומאופתיה מתיחסת למישורים הנפשיים והפיזיים כמכלול אחד, לכן, על מנת להתאים טיפול, ינסה ההומאופת לקבל תמונה הכוללת לא רק את סימפטומי הבעיה הנוכחית, אלא גם את ההיסטוריה שלה, תיאור סימפטומים מיוחדים, הרגלים אישיים, קווי אופי בסיסיים ועוד. בשל הצורך לקבל פרטים מרובים, משך הראיון הראשון הינו שעה עד שעתיים, תלוי בסוג הבעיה וגיל המטופל. מאחר שההומאופתיה רואה חשיבות גדולה בלקיחת אחריות אישית על הבריאות, יתכן שההומאופת ימליץ על שינויים תזונתיים מסוימיםאו שינוי הרגלי חיים אחרים, שיתרמו לקידום תהליך הריפוי.

6. עקרון אימות התרופות (פרובינג) : תהליך אימות התרופות ההומאופתיות נועד לרשום את כל מכלול הסימפטומים שמסוגל חומר מסוים ליצור באנשים בריאים. מכלול זה מהווה אינדיקציה באלו מצבים יש להשתמש בתרופה ההומאופתית על מנת לרפא את המטופל. כאשר אנו "מנסים" תרופות על אנשים (להבדיל מניסויים בחיות), אנו מקבלים מכלול סימפטומים הכולל סוג כאב, מיקומו המדויק, הטבה והחמרה, תחושות רגשיות, חלומות וכו'. תהליך האימות נערך עם קבוצת מתנדבים בריאים, (לרוב הומאופתים מנוסים) כאשר חלק מן האנשים מקבל פלצבו (תרופת דמי אשר אין לה השפעה רפואית). המעקב ואיסוף החומר נמשכים בין שבועות ספורים לבין חודשים אחדים. המידע שנאסף נבדק בקליניקה, עובר עריכה ומצורף לספרות הקיימת. כיום מצוי מידע על כ- 1500תרופות.
(תמונת הסימפטומים שנתקבלה, תאפשר לנו להשתמש בחומר שגרם להופעתה מלכתחילה למטרות ריפוי (במינון קטן יותר כמובן) כאשר ניתקל במטופל בעל תמונת סימפטומים דומה).

חשוב לציין כי אחד היתרונות הגדולים לטיפול ההומאופתי הוא שהתרופות ההומאופתיות נבדקות בקפדנות על בני אדם, לכן האפשרות שתרופה תפעל באופן אחר מאשר זה שהציגה בניסוי הפרובינג כמעט ולא קיימת.

7. עקרון כיוון הריפוי:  ככל שמחלה מתקדמת, הסימפטומים עוברים מאיברים חשובים פחות (כמו העור) לאיברים חשובים יותר - כמו מערכת הנשימה, הלב, הכבד וכו'. בתהליך הריפוי מתהפך התהליך, הסימפטומים שהיו קודם באיברים פנימיים נעלמים, ולעומת זאת חוזרים סימפטומים שדוכאו קודם לכן באיברים חשובים פחות. הסימפטומים עוברים מחלקו העליון של הגוף אל החלק התחתון, מפנים הגוף אל איבריו החיצוניים, ונעלמים בסדר הפוך לסדר הופעתם בתהליך התפתחות המחלה. מטופל הסובל מאסטמה יעבור תהליך ריפוי הומאופתי שבו תשתפר האסטמה ותיעלם. בעיית עור שסבל ממנה בעבר ודוכאה - תשוב. יתרחש שיפור כללי בבריאותו, ובסופו של דבר תחלוף גם בעיית העור שלו, כאשר כיוון הריפוי הוא כאמור מבפנים החוצה.